Molly habite à Vertville: un petit village bien sympathique... son père, un riche archéologue lui raconte une vieille légende à propos des 26 Zarbi: des pokémon spectres que l'on trouve sous plusieurs formes: celles des lettres de l'alphabet. A ce moment, un email informe le père de Molly qu'il doit se rendre tout de suite sur les fouilles archéologiques car une surprenante découverte a été faite.
En effet, non loin de VertVille: ils trouvent un espece de puzzle, une énigme sur Zarbi... le père de Molly commence à inspecter ce puzzle, mais en bougeant les pièces du jeu il se retrouve absorbé dans une autre dimension... un de ses collègues archéologue apporte les mauvaises nouvelles dans la maison de Molly, et y laisse le puzzle...
Molly tombe sur le jeu, et commence à bouger les lettres pour former les mots: 'PAPA, MAMAN, MOI'.
Pendant ce temps, Sacha rencontre une dresseuse: Rin et l'affronte dans un match pokémon.
Aprés un très très long combat, Sacha est finallement vainqueur.
Rin félicite les talents de Sacha, et les deux dresseurs continuent leurs chemins ensemble... au coucher du soleil, ils arrivent à Vertville.
Molly ayant débloqués les mécanismes du puzzle, crée un lien vers la dimension Zarbi et sa maison... qui commence peu à peu à se transformer en crystal.
Personne n'arrive à comprendre ce phénomène, et des ruées de journalistes arrivent à Vertville. Le professeur Chen est également invité accompagné de la mère de Sacha...
Le gang, accompagné de Rin arrive également à Vertville, mais tout le monde est surpris de voir ce paysage étrange...
Alors qu'ils pénètrent au centre pokémon, la mère de Sacha se fait enlever par un chat géant: Enteï.
Elle se réveille dans la maison de Molly, devenue une tour de crystal, completement étourdie... Molly croit qu'elle est sa mère, et que Enteï est son père. La mère de Sacha est également hypnotisée par les illusions du crystal et se prend pour sa mère.
Sacha quand à lui décide d'aller dans cette tour pour sauver sa mère. Pendant ce temps, Dracaufeu ( il a été abbandoné il y'a assez longtemps par Sacha pour qu'il rejoigne sa fiancée ^-^) assiste à la scène à la télévision et décide d'aller porter secours à son ancien maître.
Le gang est dans le hall de la tour, et une adolescente apparaît (il sagit en fait de Molly déguisée par Enteï). Une succesion de bataille a lieu, et au milieu de tout, la team rocket arrive. Pendant cette confusion, Sacha en profite pour retrouver sa mère... il la ramène à la raison, et ils commencent à redescendre les escaliers pour partir de la tour mais ils sont stoppés par Enteï. Sacha perd contre lui, et au dernier moment, Dracaufeu arrive à la rescousse.
Un combat de titan a donc lieu entre Enteï et Dracaufeu... mais l'ancien pokémon de Sacha se fait presque battre et est sur le point de se faire achever par Enteï... c'est alors que la mère de Sacha intervient: elle tente de raisonner Molly, et de lui demander d'arreter tout ca... aprés une terrible bataille psychologique, Molly revient à la raison et demande à Enteï de détruire la porte entre le monde des Zarbi et le monde réel. Enteï se sacrifie pour fracasser la porte, et tout redevient comme avant... les vrais parents de Molly reviennent et tout est bien qui finit bien.